Für ein FTP-Backup bietet sich, als eine einfache, Lösung duplicity an.
Unter Ubuntu installieren mit:

sudo apt-get install duplicity
sudo apt-get install ncftp

Hier ein Beispiel-Skript zum Download:
back-open.sh
Am besten in die /etc/crontab einfügen:

15 7    * * *    root    /opt/backup/back.sh >>/var/log/duplicity/backup.log

Das ganze funktioniert auch über SCP, der Syntax muss dann von ftp: auf scp: geändert werden.
Diese Methode bietet sich für das Backup eines HighQ-Strato-Servers an, für den es kostenlos eine FTP-Backup-Site gibt.
Die Wiederherstellung funktioniert genau so, hier in ein anderes Verzeichnis:

duplicity ftp://FTP-BENUTZER@FTP-SERVER/etc /opt/restore/etc